W 1585  roku Annibale wraz z innymi przedstawicielami rodu Carraccich, bratem Agostino i kuzynem Lodovico, założył w Bolonii rodzinną szkołę malarską. I to dzięki niej zwrócono uwagę na ich nieprzeciętne talenty. Ona też przyniosła im uznanie poza granicami ich miasta. Udowodnić swą biegłość i kunszt mogli, gdy Annibale i służący mu pomocą Agostino przybyli do Rzymu w 1594 roku, aby ozdobić malowidłami jedną z reprezentacyjnych sal pałacu kardynała Odoarda Farnesego (Palazzo Farnese). Zadanie było trudne, czasochłonne, ale nader prestiżowe. Pałac kardynała, wybudowany jeszcze przez Michała Anioła (Michelangelo Buonarroti), był dumą rodu Farnese. Annibale, którego uczyniono odpowiedzialnym za koncepcję malarską, dotąd twórca idealizowanych, klasycznych, choć niepozbawionych ekspresji obrazów, w Rzymie poznał dzieła Michała Anioła i Rafaela (Raffaello Sanzio), które w znacznym stopniu wpłynęły na jego tutejszą twórczość. W pałacu wykonał dekorację monumentalną, olśniewającą przepychem i wirtuozerią, przewyższającą wszystko, co do tej pory stworzono, poza sklepieniem kaplicy Sykstyńskiej. Jej tematem są historie miłosne olimpijskich bogów, które nazwano górnolotnie Triumfem i potęgą Miłości.

Carracci był doskonałym rzemieślnikiem, fachowcem skoncentrowanym całkowicie na swojej pracy.  Oprócz malowideł dla kardynała Farnesego tworzył w czasie pobytu w Wiecznym Mieście również obrazy ołtarzowe dla tamtejszych kościołów oraz płótna o tematyce świeckiej i religijnej dla prywatnych zleceniodawców. Carracciego można też nazwać pionierem malarstwa krajobrazowego w jego idealizującej formie, wykorzystującego drobne, niepozorne sceny ze Starego Testamentu jako sztafaż dla rozbudowanych pejzaży. To one zapłodnią twórczo jego uczniów, wśród których byli między innymi Domenichino i Nicolas Poussin, do dalszych eksperymentów na tej drodze.

Na początku 1605 roku Annibale doznał załamania psychicznego. Wyprowadził się z pałacu Farnese i zamieszkał w skromnej pracowni w centrum miasta. Jak donosili kronikarze, wielka melancholia ogarnęła go po tym, jak kardynał Farnese zapłacił mu za całą powierzoną mu dekorację malarską, a więc za osiem lat pracy, 500 skudów (normalnie za jeden obraz średniej wielkości płacono wówczas od 100 do 150 skudów). Był to policzek nie w finansowym aspekcie, przede wszystkim ucierpiały prestiż i duma artysty. Freski, powszechnie podziwiane, uważane za podobne w randze do tych autorstwa Michała Anioła, nie mogły być przecież oceniane jak praca dziennego wyrobnika, stołującego się w kardynalskiej kuchni. W konsekwencji nie doszło do dalszej współpracy z kardynałem Farnese planującym ozdobienie kolejnych sal swego pałacu. Annibale wyjechał do Neapolu, gdzie został wrogo przyjęty przez tamtejszych artystów. Ciężko chory powrócił do Rzymu, gdzie w wieku 49 lat zmarł. W pełni doceniony po śmierci, spoczął obok Rafaela w rzymskim Panteonie.

Najważniejsze dzieła Annibale Carracciego artysty w Rzymie:

Palazzo Farnese

• Freski Triumf i potęga Miłości, 1596–1601

Kościół Santa Maria del Popolo (kaplica Cerasich)

• Wniebowzięcie Marii, 1600–1601

Kościół San Gregorio Magno

• Modlący się św. Grzegorz  w otoczeniu aniołów

Galleria Borghese

• Jowisz i Junona, 1602
• Święta Rodzina

Galleria Colonna 

• Jedzący fasolę,  1580–1590

Galleria Doria Pamphilj

• Ucieczka do Egiptu,  1603
• Idealny krajobraz